Oprema

Strokovno znanje

Analiza DNA in RNA

DNA kloniranje
Analiza PCR in qPCR
Agarozna elektroforeza
DNA in RNA izolacija
Analiza FISH
RNA-protein PLA
RNA in DNA “pull down"
Premreženje
Interakcije RNA-RNA (metodi PARIS in COMRADES)

Analiza proteinov

SDS PAGE in prenos western
Mikrotermoforeza
Imunoprecipitacija/ko-imunoprecipitacija
Imunocitokemija
ELISA
Interakcije protein-protein (PLA, BioID, APEX)
Označevanje proteinov
Glikoproteomika

Izražanje in čiščenje rekombinantnih proteinov

Bakterijski ekspresijski sistemi (Escherichia coli, Lactococcus lactis)
Sesalčji ekspresijski sistemi
Mutageneza
Sistemi čiščenja: Afinitetna kromatografija, 4C gelska filtracijska kromatografija, ionsko-izmenjevalna kromatografija – hitra proteinska tekočinska kromatografija (FPLC) za raziskovalne namene in maloserijska preparatorna kromatografija
Ultrafiltracija (do 500 mL)

Celična biologija

Humane celične linije in primarne celične kulture (IPS, fibroblasti,
nevronske celice, tumorske celice, imunske celice, celice GIT, tumorske
matične celice, …)
Testi diferenciacije
Utišanje in nadizražanje proteinov (transfekcija, lentivirusna transdukcija)
Gensko urejanje s sistemom CRISPR Cas
3D celični modeli (večcelični sferoidi)
Funkcijski testi migracije in invazije
Indirektne (transwell komore) in direktne celične kulture (monosloji in sferoidi)
Interakcije med bakterijami in gostiteljskimi celicami (adhezija, invazija, proliferacija)

Pretočna citometrija in sortiranje celic

Fenotipizacija in funkcijska analiza imunskih celic
Testi citotoksičnosti
Testi celične smrti
Testi viabilnosti
Analiza proliferacije in celičnega cikla
Izolacija in fenotipizacija tumorskih matičnih celic

Biotehnologija bakterij

Genetski inženiring bakterijskih celic
Površinsko izražanje proteinov
Določanje viabilnosti bakterij
Kinetika rasti bakterij
Orodje za genomski inžinering Lactococcus lactis na osnovi CRISPR
Elektroporacija Gram-pozitivnih bakterij
Ocena biološke varnosti GSO

MIkrobiologija bakterij in gliv

Biološki testi za protibakterijsko delovanje spojin
Analiza spojin proti bakterijski adheziji in tvorbi biofilma s fluorescenčno mikroskopijo (učinki na viabilnost ter sestavo in strukturo biofilma)
Sistem za rast biofilma (statični in dinamični)
Mikrofluidika
Profil izražanja proteinov pri baktrerijah (citoplazemski in površinski proteini)
Bakterijska genomika

Glikobiologija

Izolacija in karakterizacija kompleksnih bakterijskih in glivnih glikanov (tejhojske kisline, kapsule, peptidoglikani, itd.)
Izolacija naravnih lektinov iz kompleksnih vzorcev iz okolja
Karakterizacija in označevanje lektinov
Glikoproteomika (diferencionalno označevanje glikanov, deglikozilacija)
Lektinski prenos western za detekcijo glikanov in glikoproteinov

Vrednotenje encimov in inhibitorjev

Nizko molekularni inhibitorji
Naravni proteinski inhibitorji
Encimska kinetika
Analiza in razvoj cimografije (proteolitična aktivnost, L-amino kislinsko oksidazna aktivnost, holinesterazna aktivnost itd.)

Pretočni citometer

Attune™ NxT Flow Cytometer, modra/rdeča/violična/rumena

ThermoFischer

Kontaktna oseba: dr. Milica Perišić Nanut

Celični sorter

S3e Cell Sorter

BioRad

Kontaktna oseba: dr. Milica Perišić Nanut

Mikrotermoforeza

Monolith NT115.pico Red

Nanotemper Technologies

Kontaktna oseba: dr. Ana Mitrović

IXplore Spin sistem za mikroskopiranje z visoko ločljivostjo

več

(1) povsem motorizirane Olympus IX83 invertne platforme opremljene z

(2) CSU-W1 spining disc konfokalnim skenerjem, 2 digitalnima sCMOS kamerama, live-imaging kamrico in software programom CellSens Dimension 3D Deconvolution solution Imaging.

Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln, prof. dr. Boris Rogelj