Oprema

Strokovno znanje

Analiza DNA in RNA

  • DNA kloniranje
  • Analiza PCR in qPCR
  • Agarozna elektroforeza
  • DNA in RNA izolacija
  • Analiza FISH
  • RNA-protein PLA
  • RNA in DNA “pull down"
  • Premreženje
  • Interakcije RNA-RNA (metodi PARIS in  COMRADES)

Analiza proteinov

  • SDS PAGE in prenos western
  • Mikrotermoforeza
  • Imunoprecipitacija/ko-imunoprecipitacija
  • Imunocitokemija
  • ELISA
  • Interakcije protein-protein (PLA, BioID, APEX)
  • Označevanje proteinov
  • Glikoproteomika

Izražanje in čiščenje rekombinantnih proteinov 

  • Bakterijski ekspresijski sistemi (Escherichia coli, Lactococcus lactis)
  • Sesalčji ekspresijski sistemi
  • Mutageneza
  • Sistemi čiščenja: Afinitetna  kromatografija, 4C gelska filtracijska kromatografija, ionsko-izmenjevalna kromatografija – hitra proteinska tekočinska kromatografija (FPLC) za raziskovalne namene in maloserijska preparatorna kromatografija
  • Ultrafiltracija (do 500 mL)

Celična biologija

  • Humane celične linije in primarne celične kulture (IPS, fibroblasti,
    nevronske celice, tumorske celice, imunske celice, celice GIT, tumorske
    matične celice, …)
  • Testi diferenciacije
  • Utišanje in nadizražanje proteinov (transfekcija, lentivirusna transdukcija)
  • Gensko urejanje s sistemom CRISPR Cas
  • 3D celični modeli (večcelični sferoidi)
  • Funkcijski testi migracije in invazije
  • Indirektne (transwell komore) in direktne celične kulture (monosloji in sferoidi)
  • Interakcije med bakterijami in gostiteljskimi celicami (adhezija, invazija, proliferacija) 

Pretočna citometrija in sortiranje celic

  • Fenotipizacija in funkcijska analiza imunskih celic
  • Testi citotoksičnosti
  • Testi celične smrti
  • Testi viabilnosti
  • Analiza proliferacije in celičnega cikla
  • Izolacija in fenotipizacija tumorskih matičnih celic

Biotehnologija bakterij 

  • Genetski inženiring bakterijskih celic
  • Površinsko izražanje proteinov
  • Določanje viabilnosti bakterij
  • Kinetika rasti bakterij
  • Orodje za genomski inžinering Lactococcus lactis na osnovi CRISPR
  • Elektroporacija Gram-pozitivnih bakterij
  • Ocena biološke varnosti GSO

MIkrobiologija bakterij in gliv

  • Biološki testi za protibakterijsko delovanje spojin
  • Analiza spojin proti bakterijski adheziji in tvorbi biofilma s fluorescenčno mikroskopijo (učinki na viabilnost ter sestavo in strukturo biofilma)
  • Sistem za rast biofilma (statični in dinamični)
  • Mikrofluidika
  • Profil izražanja proteinov pri baktrerijah (citoplazemski in površinski proteini)
  • Bakterijska genomika

Glikobiologija

  • Izolacija in karakterizacija kompleksnih bakterijskih in glivnih glikanov (tejhojske kisline, kapsule, peptidoglikani, itd.)
  • Izolacija naravnih lektinov iz kompleksnih vzorcev iz okolja
  • Karakterizacija in označevanje lektinov
  • Glikoproteomika (diferencionalno označevanje glikanov, deglikozilacija)
  • Lektinski prenos western za detekcijo glikanov in glikoproteinov

Vrednotenje encimov in inhibitorjev

  • Nizko molekularni inhibitorji
  • Naravni proteinski inhibitorji
  • Encimska kinetika
  • Analiza in razvoj cimografije  (proteolitična aktivnost,  L-amino kislinsko oksidazna aktivnost, holinesterazna aktivnost itd.)

Oprema

Pretočni citometer

Attune™ NxT Flow Cytometer, modra/rdeča/violična/rumena
ThermoFischer
 

Celični sorter

S3e Cell Sorter
BioRad
 

Mikrotermoforeza

Monolith NT115.pico Red
Nanotemper Technologies
 
Kontaktna oseba: dr. Ana Mitrović

IXplore Spin sistem za mikroskopiranje z visoko ločljivostjo

več

(1) povsem motorizirane Olympus IX83 invertne platforme opremljene z

(2) CSU-W1 spining disc konfokalnim skenerjem, 2 digitalnima sCMOS kamerama, live-imaging kamrico in software programom CellSens Dimension 3D Deconvolution solution Imaging.

Konfokalni mikroskop

Confocal laser scaning microscope LSM710
Carl Zeiss
 
Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln

Fluorescentni invertni mikroskop

EVOS M5000 Imaging System
Thermo Fisher
 
Kontaktna oseba: dr. Ana Mitrović

Kompaktni invertni mikroskop

Olympus CKX53
Olympus
 
Kontaktna oseba: dr. Nika Janež

Fluorescentni invertni mikroskop

AxioObserver Z1
Carl Zeiss
 
Kontaktna oseba: dr. Nika Janež

Sistem za slikanje

ChemiDoc Imaging System
BioRad
 
Kontaktna oseba:

Prenos western

SDS PAGE and Western Blot system
BioRad
 
Kontaktna oseba:

Spektrofluorimeter

Infinite M1000
Tecan
 

Kontaktna oseba: dr. Ana Mitrović

Sistem za hitro proteinsko tekočinsko kromatografijo (FPLC)

AKTA Fast Protein Liquid Chromatography System
GE Healthcare Life Sciences

Kontaktna oseba:

PCR

Mastercycler Nexus X2
Eppendorff
 
Kontaktna oseba:

Celični laboratoriji

1. in 2. varnostni razred

Kontaktna oseba: dr. Milica Perišić Nanut, doc. dr. Helena Motaln

Sistem za spremljanje živih celic

Komora za spremljanje živih celic na kofokalnem mikroskopu
Tokai
 
Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln

Sistem za mikrofluidiko

Mikrofluidni sistem (FlowEZ 1000 mbar, 15 ml P-Caps, CO2 mixer, thermoblock, M-switch)
Fluigent
 

Hibridizacijska pečica in UV premreževalnik

UPV HL-2000 Hybrilinker 230V and 254nm crosslinker
UPV Life science equipment
 
Kontaktna oseba: Urša Čerček

Premreževalnik

CL-1000 Ultraviolet Crosslinker
UPV Life science equipment
 
Kontaktna oseba: Urša Čerček

Elektroporator

BTX Gemini X² – elektroporacijski sistem z dvema valovnima oblikama (za dve kiveti)
Harvard Apparatus BTX

BeadBeater

Precellys Evolution, Bertin Technologies