Strokovno znanje
Analiza DNA in RNA
- DNA kloniranje
- Analiza PCR in qPCR
- Agarozna elektroforeza
- DNA in RNA izolacija
- Analiza FISH
- RNA-protein PLA
- RNA in DNA “pull down"
- Premreženje
- Interakcije RNA-RNA (metodi PARIS in COMRADES)
Analiza proteinov
- SDS PAGE in prenos western
- Mikrotermoforeza
- Imunoprecipitacija/ko-imunoprecipitacija
- Imunocitokemija
- ELISA
- Interakcije protein-protein (PLA, BioID, APEX)
- Označevanje proteinov
- Glikoproteomika
Izražanje in čiščenje rekombinantnih proteinov
- Bakterijski ekspresijski sistemi (Escherichia coli, Lactococcus lactis)
- Sesalčji ekspresijski sistemi
- Mutageneza
- Sistemi čiščenja: Afinitetna kromatografija, 4C gelska filtracijska kromatografija, ionsko-izmenjevalna kromatografija – hitra proteinska tekočinska kromatografija (FPLC) za raziskovalne namene in maloserijska preparatorna kromatografija
- Ultrafiltracija (do 500 mL)
Celična biologija
- Humane celične linije in primarne celične kulture (IPS, fibroblasti,
nevronske celice, tumorske celice, imunske celice, celice GIT, tumorske
matične celice, …) - Testi diferenciacije
- Utišanje in nadizražanje proteinov (transfekcija, lentivirusna transdukcija)
- Gensko urejanje s sistemom CRISPR Cas
- 3D celični modeli (večcelični sferoidi)
- Funkcijski testi migracije in invazije
- Indirektne (transwell komore) in direktne celične kulture (monosloji in sferoidi)
- Interakcije med bakterijami in gostiteljskimi celicami (adhezija, invazija, proliferacija)
Pretočna citometrija in sortiranje celic
- Fenotipizacija in funkcijska analiza imunskih celic
- Testi citotoksičnosti
- Testi celične smrti
- Testi viabilnosti
- Analiza proliferacije in celičnega cikla
- Izolacija in fenotipizacija tumorskih matičnih celic
Biotehnologija bakterij
- Genetski inženiring bakterijskih celic
- Površinsko izražanje proteinov
- Določanje viabilnosti bakterij
- Kinetika rasti bakterij
- Orodje za genomski inžinering Lactococcus lactis na osnovi CRISPR
- Elektroporacija Gram-pozitivnih bakterij
- Ocena biološke varnosti GSO
MIkrobiologija bakterij in gliv
- Biološki testi za protibakterijsko delovanje spojin
- Analiza spojin proti bakterijski adheziji in tvorbi biofilma s fluorescenčno mikroskopijo (učinki na viabilnost ter sestavo in strukturo biofilma)
- Sistem za rast biofilma (statični in dinamični)
- Mikrofluidika
- Profil izražanja proteinov pri baktrerijah (citoplazemski in površinski proteini)
- Bakterijska genomika
Glikobiologija
- Izolacija in karakterizacija kompleksnih bakterijskih in glivnih glikanov (tejhojske kisline, kapsule, peptidoglikani, itd.)
- Izolacija naravnih lektinov iz kompleksnih vzorcev iz okolja
- Karakterizacija in označevanje lektinov
- Glikoproteomika (diferencionalno označevanje glikanov, deglikozilacija)
- Lektinski prenos western za detekcijo glikanov in glikoproteinov
Vrednotenje encimov in inhibitorjev
- Nizko molekularni inhibitorji
- Naravni proteinski inhibitorji
- Encimska kinetika
- Analiza in razvoj cimografije (proteolitična aktivnost, L-amino kislinsko oksidazna aktivnost, holinesterazna aktivnost itd.)
Oprema
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2022/09/IMG_20220819_112939-scaled-e1662716619911.jpg)
Pretočni citometer
Attune™ NxT Flow Cytometer, modra/rdeča/violična/rumena
ThermoFischer
Kontaktna oseba: dr. Milica Perišić Nanut
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_142659-1-scaled-e1589476548409.jpg)
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_105357-scaled-e1589476406357.jpg)
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/Slika5.jpg)
IXplore Spin sistem za mikroskopiranje z visoko ločljivostjo
(1) povsem motorizirane Olympus IX83 invertne platforme opremljene z
(2) CSU-W1 spining disc konfokalnim skenerjem, 2 digitalnima sCMOS kamerama, live-imaging kamrico in software programom CellSens Dimension 3D Deconvolution solution Imaging.
Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln, prof. dr. Boris Rogelj
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200520_152230-scaled-e1590009762654.jpg)
Konfokalni mikroskop
Confocal laser scaning microscope LSM710
Carl Zeiss
Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2022/08/IMG_20220420_090836-scaled-e1660200357320.jpg)
Fluorescentni invertni mikroskop
EVOS M5000 Imaging System
Thermo Fisher
Kontaktna oseba: dr. Ana Mitrović
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2022/08/IMG_20220811_074733-scaled-e1660200382694.jpg)
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200520_152033-scaled-e1590009480271.jpg)
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_104701-1-scaled-e1589475541658.jpg)
Sistem za slikanje
ChemiDoc Imaging System
BioRad
Kontaktna oseba:
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_105912-1-scaled-e1589476430412.jpg)
Prenos western
SDS PAGE and Western Blot system
BioRad
Kontaktna oseba:
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_105025-scaled-e1589476355160.jpg)
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200520_143832-scaled-e1590009453653.jpg)
Sistem za hitro proteinsko tekočinsko kromatografijo (FPLC)
AKTA Fast Protein Liquid Chromatography System
GE Healthcare Life Sciences
Kontaktna oseba:
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200513_104857-1-scaled-e1589476332462.jpg)
PCR
Mastercycler Nexus X2
Eppendorff
Kontaktna oseba:
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2022/01/IMG_20210211_100658-scaled-e1642503988983.jpg)
Celični laboratoriji
1. in 2. varnostni razred
Kontaktna oseba: dr. Milica Perišić Nanut, doc. dr. Helena Motaln
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2022/01/live-imaging-2-e1642506861494.jpg)
Sistem za spremljanje živih celic
Komora za spremljanje živih celic na kofokalnem mikroskopu
Tokai
Kontaktna oseba: doc. dr. Helena Motaln
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2023/08/Fluigent_2-scaled-e1692970155419.jpg)
Sistem za mikrofluidiko
Mikrofluidni sistem (FlowEZ 1000 mbar, 15 ml P-Caps, CO2 mixer, thermoblock, M-switch)
Fluigent
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200520_144241-scaled-e1590523398546.jpg)
Hibridizacijska pečica in UV premreževalnik
UPV HL-2000 Hybrilinker 230V and 254nm crosslinker
UPV Life science equipment
Kontaktna oseba: Urša Čerček
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2020/05/IMG_20200526_141235-scaled-e1590523568284.jpg)
Premreževalnik
CL-1000 Ultraviolet Crosslinker
UPV Life science equipment
Kontaktna oseba: Urša Čerček
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2024/04/elektroporator-scaled-e1712246420286.jpg)
Elektroporator
BTX Gemini X² – elektroporacijski sistem z dvema valovnima oblikama (za dve kiveti)
Harvard Apparatus BTX
Kontaktna oseba: izr. prof. dr. Aleš Berlec
![](https://www-b3.ijs.si/wp-content/uploads/2024/04/Beadbeater-scaled-e1712246396155.jpg)