Glikobiologija in glivni proteini
Glikobiologija proučuje strukturo, biosintezo, vlogo in evolucijo ogljikovih hidratov v bioloških sistemih. Ogljikovi hidrati so biološke molekule, ki prispevajo k izjemni kompleksnosti interakcij med celicami v organizmu in med organizmi. Skupino proteinov, ki specifično prepoznavajo ogljikove hidrate imenujemo lektini. V naši skupini smo pokazali, da so višje glive bogat vir novih proteinov z edinstvenimi lastnostmi, ki jih ločijo od podobnih proteinov iz drugih naravnih virov. Iz njih smo osamili in opisali več funkcionalnih skupin proteinov s poudarkom na novih inhibitorjih proteaz in lektinih. Te proteine uporabljamo kot orodja za proučevanje:
- molekularnih interakcij, ki sodelujejo pri adheziji bakterij in tvorbi biofilmov;
- molekularnih interakcij teh proteinov z rakavo spremenjenimi celicami in celicami imunskega sistema;
- kako ti proteini vplivajo na rast in razvoj pomembnih invazivnih škodljivcev poljščin.
Naš cilj je raziskati njihovo delovanje in jih uporabiti kot orodje za spreminjanje poteka molekularnih interakcij, ki so ključne v humani in veterinarski medicini, kmetijstvu, pri bioprocesih ter v farmacevtski industriji. Verjamemo, da so glikani v ospredju molekularnih interakcij in da bo uporaba glivnih proteinov prispevala k boljšemu razumevanju osnovnih molekularnih mehanizmov, ki lahko ponudijo rešitve za razvoj novih strategij za:
- znižanje pojava odpornosti proti antibiotikom (AMR),
- razvoj imunoterapij proti raku in
- razvoj biopesticidov proti vse večjemu številu invazivnih tujerodnih škodljivcev.
Sodelave
Prof. Dr. Markus Künzler, Institute of Microbiology, ETH Zürich, Švica
Dr. Annabelle Varrot, CERMAV-CNRS Grenoble, Francija
Dr. Mario Schubert, Institute of Molecular Biology, University of Salzburg, Avstrija
Prof. Paola Cescutti, Department of Life Sciences, University of Trieste, Italija
Prof. Claire Veneault-Fourrey, Université de Lorraine, INRA, Francija
Dr Jonathan Plett, Hawkesbury Institute for the Environment, Western Sydney University, Sydney, Avstralija
Dr Paul J. Hensbergen, Center for Proteomics and Metabolomics, Leiden University Medical Center, Leiden, Nizozemska
Dr. Inga Matijošytė, Vilnius University Life Science Center, Vilnius, Litva
Prof. Iain Wilson, Department of Chemistry, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Avstrija
Dr Stefan Toepfer, CABI, c/o Plant Protection and Soil Conservation Directorate, Hodmezovasarhely, Madžarska
Prof. Anja Klančnik, Oddelek za živilstvo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Ljubljana
Dr. Dušan Turk, Odsek za biokemijo, molekularno in strukturno biologijo, Institut »Jožef Stefan«, Ljubljana
Dr Jaka Razinger, Oddelek za varstvo rastlin, Kmetijski inštitut Slovenije, Ljubljana
Dr Janez Prešern, Oddelek za živinorejo, Kmetijski inštitut Slovenije, Ljubljana
Dr Nada Žnidaršič, Oddelek za biologijo, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani, Ljubljana
Dr Ana Rotter, Morska biološka postaja, Nacionalni inštitut za biologijo, Piran
Izbrane objave
- STERNIŠA, Meta, SABOTIČ, Jerica, KLANČNIK, Anja. A novel approach using growth curve analysis to distinguish between antimicrobial and anti-biofilm activities against Salmonella. International journal of food microbiology. 2021, 1-33.
- SABOTIČ, Jerica, OHM, Robin, KÜNZLER, Markus. Entomotoxic and nematotoxic lectins and protease inhibitors from fungal fruiting bodies. Applied microbiology and biotechnology, 2016, 100, 1, 91‐111.
- SABOTIČ, Jerica, KOS, Janko. CNL-Clitocybe nebularis Lectin – the fungal GalNAcβ1-4GlcNAc-Binding Lectin. Molecules, 2019, 24, 23, 4204–4204-10
- JANEŽ, Nikolaja, ŠKRLJ, Blaž, STERNIŠA, Meta, KLANČNIK, Anja, SABOTIČ, Jerica. The role of the Listeria monocytogenes surfactome in biofilm formation. Microbial biotechnology, 2021, 14, 4, 1269-1281.
- BELLICH, Barbara, JANEŽ, Nikolaja, STERNIŠA, Meta, KLANČNIK, Anja, RAVENSCROF, Neil, RIZZO, Roberto, SABOTIČ, Jerica, CESCUTTI, Paola. Characterisation of a new cell wall teichoic acid produced by Listeria innocua ŽM39 and analysis of its biosynthesis genes. Carbohydrate research. 2021, 1-29.