MicroICS: novo računalniško orodje za analizo slik biofilmov

• Post by: Jure Pohleven
• 3.november, 2026
• Comments off

Biofilmi – organizirane mikrobne združbe – so pogosto skriti vzrok ponavljajočih se okužb pri ljudeh in živalih ter kontaminacij pri pridelavi hrane in zdravil. Ker se te združbe razraščajo v 3D-strukture, je mikroskopija za njihovo raziskovanje vse pomembnejša, obdelava podatkov pa zahteva multidisciplinarno znanje. Na IJS smo v sodelovanju treh odsekov (Biotehnologija – B3, Tehnologije znanja – E8 ter Fizika trdne snovi – F5) razvili novo orodje za analizo slik biofilmov, imenovano MicroICS – trenutno edino orodje, ki povezuje analizo konfokalnih fluorescenčnih slik biofilmov s strojnim učenjem. Sestavljeno je iz treh modulov: prvi slike pretvori v kvantitativne strukturne značilke; v drugem naučimo modele, kako se te značilke povezujejo z biološkim kontekstom; v tretjem pa naučene modele uporabimo za napovedovanje in razvrščanje novih slik. Orodje je namenjeno raziskovanju povezav med 3D-strukturo biofilmov in njihovo funkcijo, področjem, ki se intenzivno razvija prav s tehnološkim napredkom analiznih metod. Je odprtokodno in na voljo raziskovalcem za nadgradnjo in razširjanje. Članek o razvoju in funkcionalnostih smo objavili v ugledni reviji npj Biofilms and Microbiomes (https://www.nature.com/articles/s41522-026-01083-8).